Absolventi doktorandského štúdia sú pripravení na samostatnú tvorivú vedecko-výskumnú činnosť v oblasti organickej, bioorganickej aj materiálovej chémie vo výskumnej oblasti nielen na akademickej pôde, ale aj v technologickej praxi. Ovládajú základné princípy, ako aj najmodernejšie poznatky z oblasti organickej syntézy, bioorganickej a medicinálnej chémie, fyzikálnej organickej chémie, rozumejú vzťahom medzi štruktúrou organických zlúčenín a ich reaktivitou, poznajú mechanizmy organických reakcií a s využitím metód pokročilej spektroskopie dokážu určiť štruktúru organických zlúčenín. Používajú moderné metódy separácie mnohozložkových zmesí organických látok, izolácie organických látok z prírodných zdrojov a purifikácie produktov. Absolventi ovládajú metódy výskumu a vývoja používané v moderných laboratóriách organickej chémie. Dokážu samostatne navrhnúť viacstupňové syntézy organických zlúčenín, vrátane stereoselektívnych syntéz, pričom využívajú najmodernejšie poznatky z oblasti asymetrickej katalýzy a netradičných aktivačných metód, akými sú mikrovlnné žiarenie, ultrazvukové vlnenie, mechanická aktivácia v guľovom mlyne, fotochémia. Nové syntetické postupy navrhujú v súlade s požiadavkami zelenej chémie a udržateľného rozvoja. Ovládajú prácu s chemickým softvérom a chemickými databázami a v experimentálnej práci využívajú znalosti výpočtových metód a molekulového modelovania.
Absolventi doktorandského štúdia sú schopní samostatne viesť výskumné skupiny pozostávajúce z absolventov magisterského a bakalárskeho štúdia a technických pracovníkov. Samostatne formulujú, interpretujú, prezentujú a publikujú výsledky výskumu. Môžu sa podieľať na vyučovaní odborných predmetov na vysokých školách. Za účelom získania finančných prostriedkov pre svoj výskum sú schopní vypracovať návrhy kvalitné projektov. Absolventi študijného programu Organická chémia majú všetky predpoklady uplatniť sa v mnohých príbuzných odvetviach vedeckého výskumu akými sú medicínska chémia, farmaceutická chémia, materiálová chémia, environmentálna chémia a biochémia.
Absolvent študijného programu nachádza uplatnenie na všetkých univerzitách, na ktorých sa vyučujú chemické a materiálové vedy. Vďaka oboznámeniu sa so širokým spektrom poskytovaných vedomostí nachádza absolvent uplatnenie na pracoviskách rezortu zdravotníctva, kultúry, športu, ako aj v inštitúciách využívajúcich poznatky o vzťahu človeka a pracovného prostredia (priemyslový dizajn, pracovné lekárstvo, architektúra a technika), v štátnych inštitúciách zaoberajúcich sa ochranou prírody a životného prostredia (Štátna ochrana prírody SR, Slovenská inšpekcia životného prostredia, Slovenská agentúra životného prostredia, príslušné ministerstvá a úrady), ústavoch rezortu životného prostredia a pôdohospodárstva (napr. Výskumný ústav vodného hospodárstva, SHMÚ), súkromných firmách realizujúcich chemické , biologické a ekologické prieskumy, hodnotenia vplyvov na životné prostredie alebo v špeciálnom výskume rezortu Ministerstva vnútra SR.
Absolventi doktorandského štúdia organickej chémie si nájdu uplatnenie ako vysokoškolskí pedagógovia alebo výskumníci na prírodovedne zameraných vysokých školách, iných edukačných a výskumných inštitúciách, vrátane ústavov akadémií vied (Chemický ústav SAV, Ústav polymérov SAV, Biomedicínske centrum SAV. Zameranie absolventom umožňuje zamestnať sa ako kontrolóri a odborní pracovníci aj v štátnych, rezortných výskumných, skúšobných a kontrolných ústavoch, ako aj na Ministerstve životného prostredia a okresných úradoch životného prostredia. V súkromnom sektore sa môžu uplatniť ako výskumní, vývojoví a odborní pracovníci vo farmaceutickom a chemickom priemysle, v poľnohospodárstve, a v biotechnologických súkromných spoločnostiach – napr. produkujúcich biopalivá a biologicky aktívne látky, dekontaminujúcich škodlivinami zasiahnuté územia, spracovávajúcich chemický odpad aj bioodpad.
Zoznam povolaní, na ktoré je absolvent v čase ukončenia ŠP organická chémia najviac pripravený podľa: ISCO-08 https://www.kvalifikacie.sk/sites/nsk/files/employers/sk_isco-08_0.pdf
• 1321008 Riadiaci pracovník (manažér) v chemickej výrobe
• 2113005 Organický chemik
• 2310004 Asistent vysokej školy
• 1223001 Riadiaci pracovník výskumnej inštitúcie
• 2145002 Chemický špecialista vo výskume a vývoji
