Aeropalynologická sekcia je súčasťou Európskej aeropalynologickej siete. Realizuje výskum zameraný predovšetkým na kvalitatívnu a kvantitatívnu analýzu ovzdušia vo vzťahu k výskytu alergénnych biočastíc (peľových zŕn a hubových spór). Pravidelný peľový monitoring využíva volumetrický rotačný peľový lapač za účelom včasnej predpovede peľovej situácie s dôležitými výstupmi pre alergologickú prax.

Členovia tímu: doc. RNDr. Jana Ščevková, PhD., RNDr. Jozef Dušička, PhD., Mgr. Dominika Gahurová, PhD., Mgr. Natália Štefániková (doktorandka), RNDr. Mária Tropeková (doktorandka), Mgr. Zuzana Vašková (doktorandka), Mgr. Matúš Žilka (doktorand)

Algologická sekcia je orientovaná najmä na štúdium adaptácie oxyfototrofných organizmov na extrémne podmienky prostredia a polyfázický prístup k štúdiu vybraných cyanobaktérií a rias Antarktídy a Arktídy, ktorý kombinuje tradičné fenotypové charakteristiky s genotypovými molekulárnymi analýzami. Okrem toho sa na pracovisku začal realizovať interdisciplinárny výskum biologických pôdnych krúst z temperátnej oblasti, ktorý monitoruje ich druhovú diverzitu, ekologické charakteristiky týchto spoločenstiev a vplyv pôdnej fykoflóry na zmeny hydrofyzikálnych charakteristík pôdy a infiltráciu vody do pôdy.

Špecialista: Mgr. Zuzana Pelechová Drongová, PhD.

Bryologická skupina je v rámci Slovenska jedinečná výskumom historických lokalít, ako sú hrady, historické parky a cintoríny z hľadiska diverzity machorastov.

Špecialista: doc. Mgr. Katarína Mišíková, PhD.

Laboratórium rastlinnej cytológie a ekogenotoxikológie sa zaoberá využitím rastlinných bioindikátorov pri hodnotení rôznych toxických vplyvov v laboratórnych podmienkach aj in situ. Na tomto pracovisku boli vyvinuté a štandardizované viaceré cytogenetické metódy a biotesty, ako napríklad metóda krátkodobých roztlakových preparátov, paralelný test fytotoxicity a mutagenity, tetrádový test spätného biomonitoringu, využitie mikrospór lokálnej flóry v indikácii ekogenotoxicity a tiež originálna metóda spätného monitoringu, kedy je možné vystopovať účinky znečistenia životného prostredia až o sto rokov späť vďaka herbárovým položkám.

Špecialista: prof. RNDr. Karol Mičieta, PhD.

V oblasti rastlinnej ekológie a fytocenológie sa katedra zameriava predovšetkým na vegetáciu riečnej krajiny, teda vodné a močiarne spoločenstvá, rastlinstvo lužných lesov, brehové porasty a zaplavované lúky. Pozornosť je tiež venovaná šíreniu inváznych rastlín a ich vplyvu na pôvodné spoločenstvá.

Špecialista: RNDr. Silvia Kubalová, PhD.

V oblasti mykológie sa pracovisko zameriava na makroskopické huby. Využíva najmä metódy klasickej taxonómie. Výskumné programy sú cielené hlavne na taxonomické, ekologické alebo indikačné skupiny húb; sú nevyhnutným podkladom na celkové hodnotenie biotopov, tvorbu červených zoznamov (checklistov).

Členovia tímu: doc. Mgr. Soňa Jančovičová, PhD., Mgr. Slavomír Adamčík, PhD., Mgr. Filip Fuljer (doktorand)

V oblasti taxonómie má katedra svetovú prioritu vydania národného karyologického atlasu flóry a podieľa sa na objavoch nových taxónov pre vedu s využitím moderných molekulárnych metód. Jedným zo súčasných smerov výskumu sú adaptačné mechanizmy inváznych rastlín v rámci štúdie mikroevolúcie a taxonómie druhov. Ďalšou aktuálnou oblasťou je výskum genetickej diverzity a mechanizmov starnutia drevín a uchovania genofondu starých stromov s možnosťou jeho využitia pre skvalitnenie súčasných populácií.

Členovia tímu: prof. RNDr. Karol Mičieta, PhD., doc. RNDr. Miroslav Švec, CSc., RNDr. Michal Hrabovský, PhD., Ing. Mgr. Eva Zahradníková, PhD., Mgr. Dominika Gahurová, PhD., Mgr. Martina Michalová (doktorandka)